1997年12月1日，由国家开发投资公司、国华能源有限公司、安徽新集煤电（集团）有限公司三家股东按照4：3：3的持股比例发起设立了国投新集能源股份有限公司（公司前身），注册资本9.6322亿元。经过几次净资产转增资本和2002年实现了债转股，公司注册资本由9.6322亿增加为14.9838亿元，三家股东持股比例为：53.56%、23.22%、23.22%。

2007年12月19日，公司股票在上海证券交易所首次发行并上市，共发行A股3.52亿股，公司成为淮南市第一家上市公司。上市后，公司注册资本由14.9838亿元增加到18.50387亿元。国家开发投资公司、国华能源有限公司、安徽新集煤电（集团）有限公司三家发起人股东持股比例分别为43.38%、18.80%、18.80%，社会公众股东持股比例为19.02%。

2016年12月21日，经国资委批复，国家开发投资公司将其持有的公司30.31%国有股权无偿划转至中国中煤能源集团有限公司（以下简称“中煤集团”），中煤集团成为公司第一大股东。

截至2018年3月31日，中煤集团、国华能源有限公司、安徽新集煤电（集团）有限公司、中国海运（集团）总公司分别持有30.31%、7.59%、7.18%、4.90%股份，其它社会公众股东持有公司50.02%股份